La pratique de la pêche aux arts traînants (fig.7) est très dommageable pour les fonds marins, en particulier pour les herbiers à Posidonia oceanica.
En France, le chalutage benthique et pélagique est, en théorie, interdit dans le bande côtière des 3 milles et à moins de 100 m de profondeur.
En Italie, où la profondeur est inférieure à 50 mètres la pêche à la traîne est interdite dans la zone des 3 mille marins et où la profondeur est supérieure à 50 mètres dans la zone de 1 mille marin (à l’exception des embarcations à rames et de la pêche à partir de la côte).
Dans la pratique, toutefois, il est pratiqué couramment sur les petits fonds, ce qui a des conséquences négatives sur l’herbier (régression) et sur ses fonctions écologiques et économiques. Les actions de chalutage provoquent en effet :
des déséquilibres sur les ressources halieutiques, car cette pêche non sélective capture des juvéniles immatures et endommage les stocks de nombreuses espèces non exploitées;
la dégradation des habitats, des zones de frayères et de nurseries, en particulier d’espèces exploitées. Le chalutage constitue ainsi la principale cause de régression des herbiers à Posidonia oceanica en Espagne, dans la Région d’Alicante.

En outre, la dégradation de la topographie des fonds et des habitats associés provoque une diminution de l’hétérogénéité spatiale, qui constitue un élément essentiel de la biodiversité.
Par ailleurs, il y a conflit d’usage entre les chalutiers, lorsqu’ils s’approchent de la côte et détruisent les frayères et les nurseries, et la pêche artisanale, qui dépend d’une gestion durable de ces frayères, de ces nurseries et donc de la ressource.
Dans la mesure où les autorités des pays riverains de la Méditerranée n’ont pas les moyens, ou la volonté, de faire respecter la législation, ce qui va à l’encontre des intérêts des pêcheurs artisanaux, mais aussi des pêcheurs au chalut (bien que ces derniers n’en soient pas toujours conscients), la solution la plus réaliste consiste à mettre en place des obstacles physiques au chalutage : les récifs anti-chalut. Ces récifs protègent l’herbier à P. oceanica (et ses fonctions écologiques et économiques) et permettent donc une gestion durable du stock halieutique par la pêche artisanale.