Une fois construits, les ports ont généralement tendance à s’envaser, à des vitesses variables (fig.3). Des dragages périodiques sont donc nécessaires, et le problème qui se pose est alors celui du rejet des boues de dragages et de leur impact. Ces boues sont rarement stockées à terre ; en effet, pour minimiser les coûts, elles sont le plus souvent rejetées en mer dans des sites de dumping (ou clapage) désignés à cet effet, à condition que leur teneur en polluants soit modérée.
La croissance verticale des rhizomes orthotropes de Posidonia oceanica ne permet pas à l’herbier de résister à un apport sédimentaire de plus de 5-7cm/an. Le rejet sur l’herbier à P. oceanica de matériaux plus ou moins meubles, issus du dragage de ports ou de chenaux, a donc un impact très négatif.
Cet impact sur l’herbier à P. oceanica est direct, par ensevelissement au niveau du point de rejet. La mort de l’herbier est rapide, même si, au cours des mois ou des années ultérieures, ces sédiments peuvent être remis en suspension par l’hydrodynamisme.
Il est également indirect: la remise en suspension des sédiments, qui se déposent plus loin, provoque l’envasement de zones d’herbier situées au voisinage. Par ailleurs, la remise en suspension des particules fines accroît la turbidité de l’eau106; or P. oceanica, organisme photosynthétique, a besoin de lumière.
Lorsque les rejets sont constitués par des blocs de roche, provenant de travaux à la côte, en particulier de déroctage, l’impact direct est bien sûr dû au recouvrement (irréversible) de l’herbier à P. oceanica. Un impact indirect est également possible, en raison de l’hydrodynamisme, par érosion autour des blocs s’ils sont de grande taille et par déplacement de ces blocs s’ils sont petits. Cet impact est comparable en partie à celui des “corps morts” mis en place dans les mouillages organisés ou forains.
Enfin, il convient de mentionner les rejets de macro déchets d’origine humaine (bouteilles, batteries, pneus, moteurs, etc.) qui, outre l’éventuelle pollution et la détérioration esthétique des paysages sous-marins qu’ils déterminent, quel que soit l’écosystème concerné, ont le même effet sur l’herbier à P. oceanica que les blocs de roche.