I dipartimenti dell'Agenzia eseguono le attività tecniche relative a:

• Controlli sugli scarichi la cui autorizzazione compete sia alla Provincia sia al Comune
• Pareri, istruttorie tecniche ed accertamenti connessi al rilascio dell'autorizzazione ex D. lgs. 152/99 all. 5 per Province e Comuni.
• Attività urgenti in seguito a disservizi ed episodi di inquinamento anche causati da incidenti
• Indagini per conto della Magistratura e delle Forze di polizia (ad esempio: Carabinieri per la tutela dell'ambiente, Guardia di Finanza)
• Risposta, nei limiti delle possibilità operative, alle segnalazioni che giungono da Associazioni o singoli cittadini

Ciascun dipartimento agisce con peculiarità sue proprie in base ai programmi concordati con gli Enti territoriali.

La Direzione centrale assicura il coordinamento delle attività ed, in collaborazione con i dipartimenti stessi, l'elaborazione e la stesura delle relazioni di sintesi per gli Enti esterni e le risposte alle richieste di dati che riguardino l'intero territorio ligure.