I Dipartimenti dell'Agenzia eseguono tutte le indagini e gli accertamenti tecnici necessari a stabilire la qualità delle acque superficiali e sotterranee in base alle normative vigenti o su richiesta degli Enti pubblici (soprattutto Regione e Provincie, ma anche Comuni). In caso di urgenze ed emergenze ambientali effettuano inoltre, per quanto di competenza, le indagini relative ad episodi di inquinamento anche causati da incidenti. Rispondono, nei limiti delle possibilità operative, alle segnalazioni che giungono da Associazioni o singoli cittadini.
Ciascun Dipartimento agisce con peculiarità sue proprie in base ai programmi concordati con gli Enti territoriali.
La Direzione centrale assicura il coordinamento delle attività ed, in collaborazione con i dipartimenti stessi, l'elaborazione e la stesura delle relazioni di sintesi per gli Enti esterni e le risposte alle richieste di dati che riguardino l'intero territorio ligure.
Tra i principali compiti attribuiti dalle vigenti leggi all'ARPAL, si ricordano in particolare:
- Monitoraggio di qualità ambientale sulle acque superficiali e sotterranee sull'intera rete di punti di campionamento di interesse nazionale, regionale e locale (D.Lgs 152/99 all.1)
- Indagini sulle acque superficiali destinate all'uso idropotabile. (D.Lgs 152/99 all.2-A)
- Indagini sulle acque destinate all'uso funzionale relativo alla vita ittica. (D.Lgs 152/99 all.2-B)
- Indagini sulle acque destinate all'allevamento dei molluschi (D.Lgs 152/99 all.2-C)
- Redazione ed aggiornamento dell'archivio anagrafico dei corpi idrici – Ricerca ed organizzazione dei dati relativi e risposte alle richieste specifiche degli Enti Istituzionali (Min., ANPA, Regione) (D.Lgs 152/99 all.1 e 3)
- Attività relative ai piani di tutela delle acque e al servizio idrico integrato (L. 36/94 e L. 183/89)
- Gestione dell'osservatorio permanente corpi idrici (L.R. 11/98)
- Caratterizzazioni ambientali e monitoraggi in corso e post operam relativi alle istruttorie per le bonifiche dei siti contaminati (D.M. 471/99)
- Attività di controllo, ispettive ed analitiche, sulle acque sotterranee destinate ad uso idropotabile (D.P.R. 236/88 e D.Lgs. 31/01)